请假迟到等考勤类扣款有两种处理方式。

1、直接将计算好的考勤扣款金额录入"员工收入登记单"。

2、通过"计量考核登记单"登记各类考勤数据，计量考核登记单生成员工收入登记单时，系统将依据预先设定的该考核类型所对应的公式计算扣款金额。